Итак, первоначальный концепт:

Завязка (спасибо Арджи, взято с тестовика):

Разнеся в Тёмном Королевстве всё, что можно и нельзя, а также поубивав всех, кто попался под горячую руку, сэйлор-воины с победой вернулись в родной Токио. Однако зачистка, как выяснилось, была неполной.
Металлия, Его Тёмное Величество, хоть и ослаб нешуточно - отнюдь не склеил ласты, как предполагалось. Более того, он умудрился неким хитрым способом дотянуться до королевы Серенити, которая мирно покоилась в хрустальном гробу посередь разрушенного Серебряного Тысячелетия, и занять её тело. Тут-то всё и пошло наперекосяк.
Королева тоже была не так мертва, как от неё ожидалось. Противники оказались примерно равны.
Борьба была долгой и незаметной для посторонних, на Земле прошлого тем временем продолжаются сеншатские будни - Древо, Фараон, Цирк, Галаксия... События в Котле дали мощный резонанс, ускорив борьбу между Селеной и Металлией; в итоге оба врага слились в единое и неделимое целое. На выходе из хрустального гроба получилась Серенити-старшая с желанием насаждать везде добро и справедливость, но методами, которых Металлия не постесняется. В общем, счастья всем даром, и пусть никто не уйдёт обиженным. Более того: безвременно почившей Королеве отчаянно молились некоторые уцелевшие жители СТ, создав некое подобие ее культа, деятельность которого некоторое время оставалась тайной.

Придя в себя и ощутив приток свежих сил, Королева (спустя несколько месяцев после Котла) отправляет во сне месседж всем сэйлорам оптом, произнося прочувствованную речь, в которой предрекла грядущую победу добра, ударную стройку Хрустального Токио и прочие приятные вещи. После чего удаляется в Тёмное Королевство и принимается наводить там порядок.

Далее - нюанс: приснившись, помимо сеншей, еще и мымру, Селена на голубом глазу пообещала воскресить его защитников-Лордов в обмен на помощь с восстановлением СТ, на что Мамору согласился, но вот незадача - воскрешение тоже пошло немного не так, и в итоге Эндимион погружается в стазис, оставив столь желанный ЗК в себе, а в текущем состоянии оный кристалл к использованию непригоден. Селена: упс, неловко получилось, но ничего, я что-нибудь придумаю... и забирает Такседо с собой в ТК, где начинает строить новое государство с железной дисциплиной, блэкджеком и шлюхами.

Иннеры, отчаявшись отыскать Мамору, которого полиция уже объявила пропавшим без вести и потенциально мертвым, получают весть от Сецуны: в этом времени Эндимиона нет. Дело пахнет керосином, и иннеры вынуждают Плутон снова открыть Врата, дабы вернуться в будущее, которое опять рискует накрыться медным тазом. ЧСХ, так и есть: к моменту возвращения Селена развернула бурную деятельность по воссозданию нового государства на базе ТК, Усаги-Серенити действительно вынуждена восстанавливать свою территорию в одиночку, т.к. мымр продолжает спать (и его местонахождение все еще неизвестно, хотя Селена явно что-то скрывает), а лорды стали фактически советниками-заложниками августейшей мамочки, которой так понравилось быть диктатором на Земле, что она не прочь подмять под себя и остальные территории (включая Луну и ко - типа Усаги еще слишком молода, чтобы править, ей не хватает сильной руки, да и остальные сенши тоже слабоваты - кроме бойких аутеров, которым любая жесть в условиях тяжкого времени - ачотакова), что несколько не по нраву и Лордам, и иннерам.
+++ тут, кстати, можно ввернуть Берилл, которую вернут из прошлого как раз сейлоры, дескать, помоги нам одолеть Селену, и получишь назад свое королевство (если брать лайв, да и мангу, Берилл не желала общего разрушения, и мотивация была иной у нее. Влюбленность в мымра - опциональна, по решению игрока).
+++ вот она, Мюгенская арка: будем считать, что после того, как фараона запечатали, а Сатурн раскрутила свою косу, территория, на которой прежде был район Мюген, "очистилась"; со временем таки удалось занять это место под какое-нибудь строение (крупный медцентр, например). Конечно же, после разрушения СТ от него мало что осталось, но и то понемногу начали восстанавливать. Процесс идет не так гладко, как хотелось бы, ибо наличествует какая-то чертовщина: то люди пропадают, то призраков видят, то кошмары преследуют, то находятся странные предметы етц. Аутеры + заинтересованные лица смекают, что корни этого бедлама надо искать где-то в прошлом => начинается разведка в далекие дни еще существовавшей академии Мюген. В ходе раскрутки сего детектива всплывают ужасы, отголоски которых достигли и будущего (в том числе - линия Древа и эльфов, например, в СТ появляются даймонизированные эльфы из прошлого etc.).
+++ арку с Немезисом тоже можно добавить (только они как раз могут быть изначально жителями ТК, при этом вовсе не факт, что разделяют взгляды все той же Селены или Лордов. А Немезис может быть, например, регионом). Также Немезис, как и некоторые Лорды, может быть причастен к созданию теперь уже культа Берилл, которая видится им всяко лучшей правительницей, чем Селена, безмерно закрутившая гайки в порыве выстроить  дисциплинированное общество с мощной вертикалью власти. При этом те же аутеры на чудачества Селены смотрят сквозь пальцы, ибо Королева дело говорит, подняла вон государство из руин с большим успехом, чем Нео-Серенити, потому гоняться за мужиком сейчас не так приоритетно, пока не разобрались с проблемами на подконтрольной пока Нео-Серенити земле.